Yukiteru Amano é um adolescente solitário que passa os dias registrando tudo ao seu redor em seu celular como um "observador imaginário" do mundo. Um dia, ele descobre que seu diário digital começou a prever o futuro — e que não está sozinho nisso.
Deus (ou Deus do Tempo e Espaço) escolheu 12 pessoas para participar de um jogo mortal: cada uma recebe um "Diário do Futuro" com poderes únicos, e o último sobrevivente se tornará o novo deus. O problema? Todos sabem que precisam matar os outros para vencer.
Yukiteru se vê preso em uma rede de manipulação quando Yuno Gasai — uma garota obcecada por ele — decide protegê-lo a qualquer custo. Mas à medida que o jogo avança, fica claro que Yuno esconde segredos perturbadores, e a linha entre proteção e obsessão se torna cada vez mais tênue.
Entre traições, alianças temporárias e reviravoltas brutais, Mirai Nikki constrói uma narrativa onde saber o futuro não garante controle — apenas mais desespero.